Con un imponente patio cuadrado, formado por portales arcados, el antiguo Colegio de San Francisco Javier (Hasta 1767), hoy Palacio Clavijero de Morelia, comenzó a construirse en 1660 durante periodos interrumpidos, hasta ser concluido en 1763. De estilo barroco tablerado en cantera rosa y herencia de los jesuitas debido a que fungió como colegio de la orden religiosa la Compañía de Jesús la cual llego a la Nueva España en la segunda mitad del siglo XVI.

Sirvió también como congreso del estado en 1824, formando parte del entonces congreso que dictamino el cambio de nombre de la Ciudad de Valladolid a Morelia en 1828. Monumento histórico, actualmente funciona como centro cultural donde tienen cabida todo tipo de actividades culturales.

Desde su remodelación y apertura este museo ha albergado una serie de importantes exposiciones con gran valor histórico, antropológico y artístico, con obras de Diego Rivera, Javier Marín, Feliciano Béjar y Francisco Toledo, por mencionar a algunos.

El mural de la cúpula de las escaleras fue elaborado en 2001 por el pintor Adolfo Mexiac (originario de Cuto de la Esperanza) bajo el nombre de «Montañas de Michoacán» y en el se guardan metáforas de la historia de Michoacán y los héroes que formaron parte de ella. Definitivamente la recomendación de visitamorelia.com es que los visitantes deben conocer el Palacio Clavijero de Morelia como un lugar representativo de la ciudad.